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上海注册资本100万元的小型私企公司可以为员工办理落户。上海落户有多种方式，包括积分落户、人才落户等。对于企业而言，只要符合上海落户政策的相关规定，无论企业规模大小或注册资本多少，都有机会为员工申请落户。因此，上海的小型私企公司只要符合相关条件，可以为员工办理落户。

具体的落户政策会根据政府规定而不断变化，建议咨询相关部门或机构以获得最新信息。